1次マニフェストの流れは以下のとおりとなります。

廃棄物引渡時

排出業者は、7枚の複写伝票に必要事項記入し、廃棄物とともに7枚全部を収集し、運搬業者に渡します。その後、収集・運搬業者1は廃棄物を受領する際に、A、B1、B2、C1、C2、D、E票の「運搬の受託」の欄に受託者の氏名または名称、運搬担当者の氏名を記入して押印し、A票を排出業者に返します。
※収集・運搬を再委託した場合、上記の「収集・運搬業者」の欄は「再委託収集・運搬業者」とする。この場合、委託収集・運搬業者の名称等は「備考・通信欄」欄に記入します。

運搬終了時

収集・運搬業者1は、廃棄物の運搬を終了した際、B1、B2、C1、C2、D、E票の運搬終了日欄に運搬終了日を記入し、中間処理業者に廃棄物とともに渡します。
中間処理業者は、B1、B2、C1、C2、D，E票の「処分の受託」の欄に受託者の氏名または託」の欄に受託者の氏名または名称、処分担当者の氏名を記入、押印し、B1、B2票を収集・運搬業者に返します。
※交付されたマニフェストごとの交付者氏名または名称、交付年月日、交付番号を交付されてから、10日以内に帳簿に記載します。

運搬終了報告

収集・運搬業者1は、B1票を自らの控えとして保管するとともに、運搬終了後10日以内にB2票を排出業者に送付します。

処分終了報告

中間処理業者は、廃棄物の処分を終了した際、C1、C2、D、E票の処分終了日の欄に処分終了日を記入し、C1票を自らの控えとして保管し、処分終了日後10日以内に、C2票を収集・運搬業者1に、D票を排出業者にそれぞれ送付します。
※交付または回付されたマニフェストごとの交付者氏名または交付年月日、交付番号を交付されてから10日以内に帳簿に記載しなくてはなりません。

2次マニフェストの流れは以下のとおりとなります。

廃棄物の引渡時

中間処理業者（処分委託者）は、排出業者の立場でマニフェスト（2次マニフェスト）を交付します（運用は1次マニフェスト時の（1）に同じ）。

運搬終了時

収集・運搬業者2は、廃棄物の運搬を終了したときは、B1、B2、C1、C2、D、E票の運搬終了日欄に運搬終了日を記入し、最終処分業者に廃棄物と併せて提出します。
中間処理業者はB1、B2、C1、C2、D、E票の「処分の受託」の欄に受託者の氏名または名称、処分担当者の氏名を記入・押印し、B1、B2票を収集・運搬業者2に返却します。
※交付されたマニフェストごとの交付者氏名または名称、交付年月日、交付番号を交付されてから10日以内に帳簿に記入しなくてはなりません。

運搬終了報告

収集・運搬業者2は、B1票を自らの控えとして保管するとともに、運搬終了後10日以内にB2票を排出業者に送付します。

最終処分終了報告

最終処分業者は、廃棄物の最終処分を終了したときは、C1、C2、D、E票の処分終了日の欄に処分終了日と最終処分日を記入するとともに、処分担当者欄に記名または押印してC1票を自らの控えとして保管し、最終処分終了後10日以内に、C2票を収集・運搬業者2にD票とE票を中間処理業者に送付します。
※交付または回付されたマニフェストごとの交付者氏名または名称、交付年月日、交付番号を交付されてから10日以内に帳簿に記載する必要があります。

最終処分終了確認時

中間処理業者は、委託したすべての廃棄物の最終処分が終了した報告（2次マニフェストのE票）を受けたときは、最終処分が適正に終了したことを確認のうえ、1次マニフェストのE票に最終処分を行った場所の所在地・名称、最終処分終了日を記入するとともに、2次マニフェストのE票受領から10日以内に、1次マニフェストのE票を排出業者に送付し、廃棄物の処分はすべて終了します。